首先，生物有機(jī)肥施入土層不易過深。因為生物有機(jī)肥是依靠其微生物活性來分解有機(jī)質(zhì)的，其活性在一定的溫度、濕度、透氣性、有機(jī)物質(zhì)的條件下才能實(shí)現(xiàn)。施入太深，會影響生物肥活性。

其次，生物有機(jī)肥施用時也不宜與單一化肥混施。單一化肥因其成分單一，且酸堿程度不同，如果大量施用，勢必影響生物有機(jī)肥的生物活性。因此，生物有機(jī)肥宜單獨(dú)施用。

另外，生物有機(jī)肥穴施更重要，特別是茄果類蔬菜，重茬現(xiàn)象不可避免。即使補(bǔ)施了一些生物肥、微肥，由于受溫度、濕度、透氣性、有機(jī)質(zhì)等條件的影響，再加上幼苗根弱的原因，很難快速發(fā)揮作用。如果穴施生物有機(jī)肥，一方面可快速促進(jìn)活躍土壤，提高土壤透氣性，促進(jìn)根系快速生長發(fā)育；另一方面，可緩解因有機(jī)肥腐熟不完全、化肥沒分解形成養(yǎng)分的空缺，及時供給根系養(yǎng)分，給根系一個良好的生長環(huán)境，促進(jìn)團(tuán)根早形成。